《妖精的旋律》讲述的是：头部两侧各有类似猫耳的角，被称为二觭人的女性变异人(新人类或超能力者)，因为具有毁灭人类的力量，位于日本神奈川县镰仓市外海的离岛上的国立生态研究所，便机密地将这些女孩隔离起来并加以研究。某日，研究所内发生重大的意外事故。原本被隔离的二觭人少女露西，因为警卫的疏忽，得以突破拘束装置，并杀害研究所内的武装警卫，连研究所室长藏间的秘书如月都惨遭杀害。虽然狙击手以穿甲弹瞄准她的头部开枪，却仅击破其铁头盔；露西虽然头部受伤流血并坠入海中，仍得以幸存并成功逃亡。事件发生的次日，为了读大学而前往镰仓找亲戚帮忙的青年-耕太，和年幼玩伴的堂亲-由香久别重逢。相偕出游至充满回忆的海滨，碰上了因头部受伤故造成另一个人格取而代之的露西；她只会发出Nyu的声音，因此被取名为妮悠。妮悠对于自己是使人类灭亡的存在一无所知，耕太和由香两人便决定带到他们居住处的枫庄暂时定居下来。此时，研究所出动了SAT（特殊突击部队）欲猎杀逃走的露西，SAT的队员-坂东在海岸边发现了人格转换的妮悠。原本任务即将成功，却因为妮悠恢复了露西的人格，与坂东同行的队员全数遭杀害，仅存战败后身受重伤（失去右臂与双眼）的坂东一人。誓言对露西复仇的他，借由研究所的科学技术重新复活，后来逃出研究所、脱离SAT并回到镰仓，不择手段地搜寻露西的下落??